Med den hastigt
voksende mængde af information om vore - og andre levende væseners - arveanlæg, er det
blevet stedse mere påkrævet, at der samtidig udvikles værktøjer til at håndtere og
analysere denne enorme mængde dna-sekvensinformation.
Man får et godt indtryk af den
rivende udvikling indenfor molekylær biologien ved at besøge
National Center for
Biotechnology Information
hvor sekvensinformation fra hele verden
samles og katalogiseres.

Gærcellens,
Saccharomyces cerevisiae, komplette arvemateriale - det såkaldte genom - var den første, der
blev fuldstændig bestemt. Det skete i 1996 som et resultat af et stort fælleseuropæisk
forskningsprojekt hvor 80 laboratorier deltog, deriblandt Carlsberg Laboratorium, hvor jeg
var leder af dna-sekventeringsgruppen, som bestemte rækkefølgen af ca. 10% af de
12.500.000 baser, der udgør koden for en gærcelle.
Under sekventeringsarbejdet blev det hurtigt klart, at de computerprogrammer, der var
til rådighed dels var meget dyre, dels var mangelfulde og ikke velegnede til at håndtere
et så omfattende projekt. Min programmeringserfaring var på det tidspunkt ikke noget at
tale om, og for at gøre starten så let som mulig, valgte jeg programmeringssproget Visual Basic, som så ud til at
være det mest tilgængelige programmeringssprog for en begynder.
Visual Basic har flere svagheder, hvoraf den mest alvorlige er, at det genererer
langsom kode. Her er imidlertid udviklingen indenfor processorerteknologien kommet Visual
Basic til hjælp. Hvor processorhastigheden for en "hurtig" computer i 1996 måske var 120
MHz, er hastigheden vokset, så almindelige husholdningscomputere i dag arbejder ved
adskillige GHz. Og så er det af mindre betydning, at Visual Basic ikke genererer hurtig
kode.
Siden starten er SEQtools vokset i omfang og inkluderer i dag mange hundrede
funktioner. Mange af funktionerne er tilføjet efter anmodninger fra brugere verden over
til mere specielle undersøgelser. Senest til undersøgelser af genaktivitet i humane celler
ved hjælp af microarray analyser.
I dag anvendes SEQtools af flere tusinde brugere verden over, dels i forskellige
forskningsprojekter dels til undervisning i molekylær genetik. Programmet er gratis og er
derfor specielt udbredt i forskningslaboratorier i den tredie verden, hvor de økonomiske
forhold normalt ikke tillader forskere, at anvende de meget kostbare kommercielle
programpakker til analyse af arveanlæg.
SEQtools anvendes også i undervisningen i molekylær biologi på adskillige
universiteter. Med det store antal dna-sekvensdatabaser, der er offentligt tilgængelige,
er det en oplagt mulighed at anvende SEQtools til at give elever på folkeskolens ældste
trin samt i gymnasiet en basal indføring i genetik og molekylær biologi. Jeg har selv ved
flere lejligheder anvendt programmet til 9.klasse praktikanter og 3.g elever ved deres
afsluttende opgave med meget overbevisende resultater. |