Introduktion

 
Med den hastigt voksende mængde af information om vore - og andre levende væseners - arveanlæg, er det blevet stedse mere påkrævet, at der samtidig udvikles værktøjer til at håndtere og analysere denne enorme mængde dna-sekvensinformation.

Man får et godt indtryk af den rivende udvikling indenfor molekylær biologien ved at besøge National Center for Biotechnology Information hvor sekvensinformation fra hele verden samles og katalogiseres.



Gærcellens, Saccharomyces cerevisiae, komplette arvemateriale - det såkaldte genom -  var den første, der blev fuldstændig bestemt. Det skete i 1996 som et resultat af et stort fælleseuropæisk forskningsprojekt hvor 80 laboratorier deltog, deriblandt Carlsberg Laboratorium, hvor jeg var leder af dna-sekventeringsgruppen, som bestemte rækkefølgen af ca. 10% af de 12.500.000 baser, der udgør koden for en gærcelle.

Under sekventeringsarbejdet blev det hurtigt klart, at de computerprogrammer, der var til rådighed dels var meget dyre, dels var mangelfulde og ikke velegnede til at håndtere et så omfattende projekt. Min programmeringserfaring var på det tidspunkt ikke noget at tale om, og for at gøre starten så let som mulig, valgte jeg programmeringssproget  Visual Basic, som så ud til at være det mest tilgængelige programmeringssprog for en begynder.

Visual Basic har flere svagheder, hvoraf den mest alvorlige er, at det genererer langsom kode. Her er imidlertid udviklingen indenfor processorerteknologien kommet Visual Basic til hjælp. Hvor processorhastigheden for en "hurtig" computer i 1996 måske var 120 MHz, er hastigheden vokset, så almindelige husholdningscomputere i dag arbejder ved adskillige GHz. Og så er det af mindre betydning, at Visual Basic ikke genererer hurtig kode.

Siden starten er SEQtools vokset i omfang og inkluderer i dag mange hundrede funktioner. Mange af funktionerne er tilføjet efter anmodninger fra brugere verden over til mere specielle undersøgelser. Senest til undersøgelser af genaktivitet i humane celler ved hjælp af microarray analyser.

I dag anvendes SEQtools af flere tusinde brugere verden over, dels i forskellige forskningsprojekter dels til undervisning i molekylær genetik. Programmet er gratis og er derfor specielt udbredt i forskningslaboratorier i den tredie verden, hvor de økonomiske forhold normalt ikke tillader forskere, at anvende de meget kostbare kommercielle programpakker til analyse af arveanlæg.

SEQtools anvendes også i undervisningen i molekylær biologi på adskillige universiteter. Med det store antal dna-sekvensdatabaser, der er offentligt tilgængelige, er det en oplagt mulighed at anvende SEQtools til at give elever på folkeskolens ældste trin samt i gymnasiet en basal indføring i genetik og molekylær biologi. Jeg har selv ved flere lejligheder anvendt programmet til 9.klasse praktikanter og 3.g elever ved deres afsluttende opgave med meget overbevisende resultater.