CV for Søren W. Rasmussen
 
Curriculum vitae for Søren W. Rasmussen
 
Personlige data
Fødselsdag
Ægteskabelig status
Børn

Adresse
Telefon
Email

Hjemmesider






Weblog
• 18. oktober, 1945
• Gift siden 1969 med grafisk designer Nina T. Rasmussen
   Morten Wilken (selvstændig IT konsulent, se profil)
   Mette Fairgrieve (Bibliotekar DB, cand. it., webudvikler, se profil)
• Skovstræde 22, Flintinge. DK-4891 Toreby L, Danmark
• +45 3616 2259
• swr@seqtools.dk
   swr@swr.dk
• swr.dk (på dansk)
   seqtools.dk (in english)
   lollandfalster-links.dk (på dansk)
   checkjobnet.dk (på dansk)
   helles-klint.dk (på dansk)
   www.krattet.dk (på dansk)
   www.flintinge.dk (på dansk)
• www.lolland-falster.blogspot.com (på dansk)



Uddannelse
Studentereksamen
Uafsluttede studier
Cand. scient. (MSc)

Lic. scient.(PhD)
Dr. scient. (DSc)
• 1964 Ålborg Katedralskole, matematisk linie
• 1964 - 1965 Københavns Universitet. Matematik, fysik og kemi
• 1965 - 1973 Københavns Universitet. Biologi med
   matematik, fysik og kemi. Hovedfag: Genetik
• 1974 Københavns Universitet. Genetik
• 1981 Københavns Universitet. Genetik


Beskæftigelse
Ufaglært arbejder
Studenterinstruktør
Senior scientist



Principal scientist
Ledig


IT-Konsulent


Efterløn
Pension
• 1964 - 1967 Ålborg Portland A/S. Periodevis ansættelse.
• 1969 - 1973 Københavns Universitet, Genetisk Institut.
• 1973 - 2002 Carlsberg Laboratorium.
   Fysiologisk Afdeling.
   Gærgenetisk Afdeling.
   Carlsberg Forskningscenters Biosektor.
• 2002 - 2004 H. Lundbeck A/S med ansvar for bioinformatik.
• 2004 - 2007 Ledig. Som led i jobsøgning opbygget webportalerne
   www.Lolland-Falster Links.dk og
   www.checkjobnet.dk.
• 2006 - Sønderskovhjemmet med ansvar for opbygning og drift af
   den grafiske virksomhed SH-Grafik samt for opbygning og support
   af pc netværk for hjemmets beboere.
• 2008 - Overgang til efterløn den 18. august 2008.
• 2010 - Overgang til pension den 18. oktober 2010.


Undervisning
Kursusundervisning




Supervision

Undervisning


Foredrag

Populærvidenskab

Redaktionelt arbejde
• Planlægning af danske og internationale laboratoriekurser
   ved Københavns Universitet og
   European Molecular Biology Organisation (EMBO).
   Kursusundervisning ved Kgl Veterinær- og Landbohøjskole,
   Forskningscenter Flakkebjerg, Århus Universitet mf.
• Vejledning af speciale- og PhD studerende ved
   Carlsberg Laboratorium og Københavns Universitet.
• Undervisning af 3g studerende (afsluttende opgave), studerende ved
   laboranthøjskolen og folkeskolens 9. klasse praktik.
   Kurser i grundlæggende pc anvendelse for pensionister.
• Inviteret taler ved et stort antal danske og
   internationale kongresser, symposier og møder.
• Populærvidenskabelige foredrag i en række
   forskellige sammenhænge.
• Teknisk redaktør af Carlsberg Research Communications.
   Redaktør af en række specielle publikationer, blandt andet med
   ansvar for indhold, layout og kommunikation med trykkeri.


Konsulentarbejde
Bioinformatik • Konsulent i bioinformatik ved laboratorier i Danmark, Frankrig,
   England, Tyskland, Østrig, Australien og USA.


Censurering
Københavns Universitet • 1993 - 2002 Censor ved Københavns Universitet.
   Førstedelskursus i genetik samt hovedfagseksaminer ved
   Københavns Universitet og Laboranthøjskolen.



Patenter
Ultrostainer • Opfundet og udviklet An automatic apparatus for double staining....
   Apparatet markedsført af LKB/Pharmacia og er patenteret
   i mit navn i Sverige, USA, Tyskland, Frankrig, Østrig og Japan.


Forretningsplan
Bioethanol • Sammen med fire medarbejdere fra Carlsberg Laboratorium og
   konsulentfirmaet McKinsey & Company udarbejdet forretningsplan
   for produktion af bioethanol til motorbrændstof ved hjælp af
   genmodificerede gærstammer.


Softwareudvikling
Kvantitativ EM analyse

Sekvensanalyse I


Sekvensanalyse II


CMS software

Håndtering af web Farver

Registrering af aktiv jobsøgning


Databaseprogram til personregistrering

Håndtering af billedfiler m.v.
• 1980 - 1987 Programpakke til analyse af 3D rekonstructioner af
   meiotiske kromosomer baseret på elektronmikrografier.
• 1995 - 2002 Softwarepakken, DNATools, til håndtering og analyse af
   nucleotid- og proteinsekvenser med ca. 50.000 besøg på
   hjemmesiden i perioden 1998 til 2002 og ca. 800 registrerede brugere.
• 2002 - Softwarepakken, SEQtools 8.4, til håndtering og analyse af
   nucleotid- og proteinsekvenser. Ca. 26.000 downloads siden 2002 og
   ca. 5.000 registrerede brugere verden over.
• CMS software til håndtering af linkdata for
   webportalen Lolland-Falster Links.
• 2006 - Programmet, ColorMate 5.01, til håndtering af farver
   ved udvikling af websites.
• 2007 - 2009 Programmet, CheckJobnet 7.5 til automatisk besøg
   på www.jobnet.dk. 111.464 besøg på websitet for programmet
   per januar 2016. Programmet vedligeholdes ikke i dag.
• 2009 - 2011 Programmet, Small Database Utility 8.0 til
   håndtering af personoplysninger, blandt andet på
   forsorgshjemmet, Sønderskovhjemmet.
• 2012 - 2013 Programmet, File & Folder Tools 8.3 til
   håndtering af billedfiler, opbygning af javabaseret billedviser, etc


IT kvalifikationer
Undervisning


Support

Datasikkerhed

Softwarekendskab


Internet


Grafisk afdeling

Computernetværk
• IT ansvarlig for Fysiologisk afdeling, Carlsberg Laboratorium,
   herunder undervisning af medarbejdere og studenter samt indkøb
   og vedligeholdelse af PC udstyr.
• Software support for medarbejdere, Molecular Genetics,
   H. Lundbeck A/S.
• Medlem af datasikkerhedsudvalg på
   De Forenede Bryggerier i flere år.
• Indgående kendskab til en lang række softwareprodukter,
   blandt andet Microsoft og Adobes produkter, Lasergene, VectorNTI,
   Windows OS.
•  Rutineret bruger af internetfaciliteter, herunder
   datasøgning og analyse på en lang række dedikerede
   udenlandske servere (eg NCBI , Emsembl, mf.).
• Opbygget grafisk afdeling for produktion af bøger, tryksager samt
   internetbaserede publikationer.
• Vedligeholdelse og drift af serverbaseret pc-facilitet for beboere på
   Sønderskovhjemmet.


Informationsformidling
Mundtlig



Skriftlig




Internet


Hjemmesider










Digital fotografering


Fotoudstilling
• Avancerede powerpoint præsentationer til undervisning og foredrag
   herunder fremstilling af kompliceret grafik og animerede forløb.
   Bearbejdning af komplicerede problemstillinger indenfor en række
   emneområder til enkle, forståelige præsentationer.
• Bearbejdning af omfattende, uoverskuelig information med henblik
   på fremstilling af forståeligt skriftligt materiale
   (videnskabelige artikler, avisartikler, brugermanualer,
   breve til offentlige myndigheder, forsikringsselskaber)
   for forskellige målgrupper.
• Opbygning af komplette webportaler/hjemmesider herunder
   fremstilling, indsamling og bearbejdning af tekst,
   billedmateriale og grafik.
• Erfaring i html-, javascript- og php-kodning.
   Se for eksempel hjemmesiderne for:
   forsorgshjemmet Sønderskovhjemmet
   sommerhusområdet Helles Klint
   kunstgalleriet Galleri-Schlegel
   psykolog Bente Schiele
   hundekennelen von Barnewitz
   portalen Checkjobnet for ledige
   turismeportalen Lolland-Falster Links for turister m.f.
   For alle hjemmesiderne medvirket som både tekstforfatter og
   informationsansvarlig.
• Rutineret fotograf (anvender Panasonic FZ150 og Nikon D7100).
   Inden- og udendørs fotografering med efterfølgende
   bearbejdning af billedmateriale for tryk og publikation på Internet.
• Fotoudstilling maj 2013 på Galleri Schlegel


Socialt engagement
Aflastningsfamilie



Skolearbejde

Assistance til ledige
• 1996 - 2001 Formidlet døgnophold for socialt vanskeligt stillet pige,
   Socialcenteret Blågård, København N underAflastningsfamilieordningen
   (NB linket er ikke til Socialcenteret Blågård,
   men beskriver ordningen i korte træk)
• 1985 - 1989 Medlem af bestyrelse for Frederik Barfods Skole.
   Var initiativtager til indførelse af EDB i undervisningen.
• Konsulentbistand til ledige i Danmark, herunder udvikling af
   softwareunderstøttelse til registrering og jobsøgning på www.jobnet.dk.


Samfundsdebat
Om behandling af arbejdsløse




Turisme på Lolland-Falster
• 2007 - 2008 Deltager i debatten om det offentliges krav til ledige
   med offentliggørelse af programmet CheckJobnet som
   automatisk opfylder Arbejdsmarkedsstyrelsens krav til ledige for
   udbetaling af dagpenge og kontanthjælp. 111.464 besøg på hjemmesiden,
   omtale i radioavisen samt en række andre medier..
• Webportalen Lolland-Falster Links
   samt webloggen En tilflytter på Lolland-Falster
   med debat om turisme mm. på Lolland-Falster.


Værnepligt
Civilforsvarstjeneste • 1975 - 1975 Otte måneders værnepligt ved Hillerød CF kaserne.
   Udvidet førstehjælpskursus samt certifikat som røgdykker.


Private interesser
Musik
Have

Håndværk

Skovarbejde
Trædrejning


• Passioneret samler af jazz og blues musik.
• Førstepris i Bo Bedre konkurrence
   om landets smukkeste haver, august 2001, p50
• Bygningsrestaurering. Istandsat en af de ældste bevarede villaer i Valby.
   Rutineret mekaniker.
• Noget mindre rutineret skovarbejder, men arbejder energisk på sagen.
• Anskaffede i efteråret 2013 en trædrejebænk for at genoptage min
   ungdoms fritidsbeskæftigelse. Du kan læse mere om
   dette projekt på Trædrejeren i Krattet.


Publikationer
Publikationer

Reviews
• 101 publikationer siden 1973 i internationale tidsskrifter, bøger
   og på Internettet. Se min publikationsliste.
• Du kan finde henvisninger til mit videnskabelige arbejde
   ved at at kikke på denne Google søgning og
   på websitet Meiosis, Recommended papers.


Videnskabelige aktiviteter (in english)


Brief review of major scientific activities:

Worked for about 15 years with Preben Bach Holm unraveling the ultrastructural mysteries of meiosis in a number of organisms from fungi to man. Developed advanced methods for serial section and 3D reconstruction analyses of the behaviour of homologous chromosomes during the entire meiotic division. Headed one of the most successful goups in this field and gave a large number of lectures at international congresses and meetings around the world. Stayed for two months at the National Academy of Science in Moscow.

For more than ten years, I have been heading the sequencing laboratory at the Carlsberg Research Center. During this period we have participated in the European Yeast sequencing network as one of the ten most efficient participants in the network, leading to completion of the full nucleotide sequence of the yeast genome in 1996.

Subsequently, we initiated a combined expressed sequence tag (EST) and serial analysis of gene expression (SAGE) analysis of gene expression during the infection process of the pathogenic fungus, Blumeria graminis, a serious pathogen in barley. During this work, the manual handling and analysis of the large amounts of nucleotide sequences rapidly exceeded the capacity of the group.

As a consequence, a series of software routines were developed to automate data handling and analysis and to improve data accessibility for the members of the research team. The routines were merged into the comprehensive sequence analysis package, dnatools, in 2002 continued as Seqtools. This software package is used by research groups all over the world for handling, data retrieval and automated sequence analysis, including database searching via client/server connection to National Center for Biotechnological Information, NCBI.

A list of functions included in the package can be found under the "manual" index item on the seqtools homepage, at www.seqtools.dk.

In 2002 - 2004 software routines were added to seqtools for design of microarray expression analyses of putative candidates for drug development in the Danish medical company, H. Lundbeck A/S. The program is still (2017) available for downloading and is to some extent also maintained.

Since 2004 without formal emploiment, but engaged in various activities related to building a local  network with the aim of creating a job opening in the Lolland-Falster region of Denmark. As part of this work created a webportal, Lolland-Falster Links, including the vast majority of websites describing the region. Founded the grafical company SH-Grafik, Developed several software solutions to support these activities.

Active in public debate regarding government activities to reduce unemploiment in Denmark. Wrote the computer program Checkjobnet (visitors at website as of today: 111.474) to demonstrate the inadequate measures taken by the administration. The Checkjobnet played a major rôle in the subsequent change in handling of unemploied in Denmark. In 2009 the minister of emploiment was relieved from his duties at the ministery.

In recent years I have - among other things - been self emploied as a woodturner producing quite nice woodden bowls from the trees groving around our house in Krattet, Lolland.

Updated on March 28th 2017